Pada 1 Januari 2017, Manson menderita pendarahan gastrointestinal di Penjara Negeri California di Corcoran apabila beliau dikejarkan ke Hospital Mercy di pusat bandar Bakersfield. Sumber memberitahuLos Angeles Times bahawa Manson telah sakit teruk[1] dan TMZ melaporkan bahawa doktor Manson menganggapnya "terlalu lemah" untuk pembedahan.[2] Beliau telah dipenjarakan semula pada 6 Januari; apa jua rawatan yang beliau terima tidak didedahkan.[3]

Pada 15 November 2017, sumber yang tidak dibenarkan bercakap bagi pihak jabatan pemulihan mengesahkan bahawa Manson telah kembali ke sebuah hospital di Bakersfield.[4] Dengan mematuhi undang-undang privasi perubatan persekutuan dan negeri, Jabatan Pemulihan Jabatan California tidak mengesahkannya.[5] Manson meninggal akibat punca semula jadi di hospital empat hari kemudian pada 19 November.[6][7][8] Selepas kematian Manson, cucunya, Jason Freeman, menyatakan niatnya untuk memiliki abu Manson dan kesan peribadi.[9]